Es la interacción en la cual dos organismos o poblaciones se benefician mutuamente (+/+), la relación no es esencial para la vida de ambos, puesto que pueden vivir de forma separada. Además, es llamada con frecuencia cooperación facultativa, en la cual ambas poblaciones se benefician por su asociación, aunque sus relaciones no son obligatorias. Ambas partes se benefician, a diferencia del mutualismo ésta interacción es opcional porque los beneficios que obtienen no son vitales o pueden ser obtenidos por otros medios. Es de acotar, que Sánchez (2021) menciona que:
La protocooperación se enmarca dentro de las relaciones mutualistas no simbióticas, ya que los organismos no dependen de la relación para su supervivencia, sino que la establecen porque les aporta beneficios a ambos. En el caso de que ambos individuos posean un tamaño similar, pueden intercambiar alimentos, nutrientes u hormonas, beneficiándose ambos.
Por ejemplo, los cangrejos ermitaños y los celenterados (anémonas) a menudo se asocian provocando beneficios mutuos. Los celenterados crecen sobre la espalda de los cangrejos (y en ocasiones son “plantados” en ese sitio por los cangrejos), suministrándoles camuflaje y protección (debido a que los celenterados tienen células con aguijones), y a su vez los celenterados son transportados por el entorno y obtienen partículas de alimento cuando el cangrejo captura otro nivel y come. Por consecuencia, el cangrejo no depende absolutamente del celenterado ni viceversa.
Otro ejemplo más representativo es la relación que se da entre las bacterias que se desarrollan en el suelo y la vegetación que crece. En esta relación ni las bacterias ni las plantas necesitan la ayuda del otro organismo, pero obtienen beneficios de esta relación. Así, las plantas obtienen nutrientes generados por las bacterias y las bacterias obtienen materias para descomponer. Este ejemplo ocurre en todos los suelos fértiles, demostrando que las relaciones de protocooperación son posibles en cualquier ambiente.
Existen aves, como los picabueyes, que se pueden posar sobre el cuerpo de los grandes mamíferos (antílopes, rinocerontes, jirafas, elefantes o búfalos) y alimentarse de parásitos indeseados en estos animales (como pulgas o garrapatas). En esta relación, el ave es transportada por el animal, mientras que el mamífero se mantiene saludable por la eliminación de los parásitos. También se cree que los picabueyes emiten señales de alarma cuando el animal se encuentra en peligro para que vengan en su ayuda.
También están los pulgones realizan agujeros en los árboles para alimentarse de su salvia y las hormigas, en lugar de comérselos, los estimulan con sus antenas para que secreten ligamaza. Las hormigas protegen a los pulgones de los depredadores, de manera que ambas especies se benefician, pero la planta muere.
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